Une des crises les plus importantes que Jean Charest a dû gérer, et qui a possiblement contribué à sa défaite, est le conflit étudiant du printemps 2012. Des milliers d’étudiants ont manifesté sans répit contre une hausse des frais de scolarité de 325 $ par année durant cinq ans. À la fin avril, Jean Charest a proposé d’étaler la hausse sur sept ans, ce que les étudiants ont rejeté. Le 14 mai, la ministre de l’Éducation Line Beauchamp démissionne alors que le gouvernement s’apprête à adopter une loi spéciale visant à encadrer le droit de manifester et permettre un retour en classe à ceux le désirant. La crise étudiante est devenue un enjeu électoral et le Parti libéral a été défait le 4 septembre.

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